Maître Jedi, Mace Windu est très respecté pour sa sagesse et les nombreux exploits dont il est capable. C'est également un guerrier féroce et courageux, qui a gagné de nombreux combats en usant de sa maîtrise impressionnante des arts Jedi. Il n'hésite pas à défendre toutes les causes qui lui paraissent justes, même si cela doit lui coûter la vie. La mort ne lui fait pas peur, et il ne recule devant aucun danger.

Mace Windu siégeait au Conseil Jedi, sur Coruscant, où ses avis avaient un poids aussi important que ceux de Yoda. Il fit passer des tests au jeune Anakin Skywalker, pour savoir s'il possédait réellement des sens particuliers à la Force. Ce test révéla les étonnantes qualités du jeune garçon, mais Mace Windu exprima aussitôt ses inquiétudes quand à l'instabilité qu'il détectait dans l'esprit d'Anakin.

Par la suite, il épaula Yoda dans le conflit qui marqua le début de la Guerre des Clones. Lors de l'attentat qui visa la sénatrice Padmé, Mace Windu ne put croire à l'implication de l'ancien Maître Jedi Dooku. Il guida Obi-Wan Kenobi et Anakin Skywalker dans leur enquête pour retrouver le commanditaire des attentats, puis combattit à leur côté dans l'arène de Geonosis, ou Obi-Wan, Anakin et Padmé devaient être mis à mort. Il tenta de mettre fin aux agissements du comte Dooku, finalement identifié comme le véritable commanditaire des attentats contre Padmé, et élimina plusieurs droïdes de combat de la Fédération du Commerce, avant de tuer le chasseur de primes Jango Fett en le décapitant avec son sabre-laser, ce qui entraîna chez le fils de ce dernier, Boba, une haine farouche des Jedi. Mace fut l'un des rares Jedi à sortir vivant de ce combat.

Plus tard durant la guerre des clones Mace Windu démontra de nombreuses fois sa maîtrise parfaite de la Force et du sabre laser, s’attaquant seul à des hordes de super droides de combat de la Fédération du Commerce, et détruisant même un « Tank Sismique » sans grande difficulté. Vers la fin de ce conflit majeur, Coruscant fut assiégé par une immense flotte séparatiste, dirigée par le maléfique général droide Grievous, qui orchestra la capture du Chancelier Palpatine, alors protégé par Shaak Ti qui était chargée de l’amener en sécurité. Là encore les extra ordinaires capacités de Mace permirent à Yoda et lui de défendre la capitale prenant le contrôle d’un chasseur droide vautour, et détruisant de nombreux chasseur en surfant sur ce droide vautour. Mais en vain, Shaak Ti et ses deux compères furent submergés par Grievous et ses hommes de main, laissant le Chancelier aux main du droide. Alors que Grievous était sur le point de s’échapper de la capitale, Mace Windu réussit tout de même à l’affaiblir en lui comprimant le cœur grâce à la Force.

Alors que la guerre était sur le point de finir, Grievous étant mort durant la bataille d’Utapau, après un duel contre Obi-Wan Kénobi, Anakin Skywalker, tourmenté par des visions de la mort de sa femme, découvrit avec horreur que le Chancelier Palpatine avec qui il s’était lié d’amitié n’était autre que le seigneur Sith Dark Sidious, celui là même qui orchestrait le conflit depuis le début. Malheureusement, Palpatine était la seule personne qui permettrait au jeune Jedi de grader Padmé en vie. Il devait faire un choix : sa femme ou la république.

Anakin alla prévenir Mace Windu de la terrible nouvelle. Ce dernier décida de partir arrêter le chancelier accompagné des Jedi Kit Fisto Agen Kolar et Saesee Tiin. Arrivé dans le bureau du chancelier celui-ci s’attaqua au quatre Jedi en même temps, tuant Agen Kolor, Saesee Tiin et Kit Fisto sans trop de mal. Mace Windu dernier espoir de la République, s’attaqua avec fureur et force au Sith, et réussit à prendre le dessus et le laisser sans défense. Alors qu’il allait en finir avec son adversaire, Anakin Skywalker sugit dans le bureau et l’arrêta. Sidious profita de cette occasion pour lancer des éclairs meurtriers sur le Maître Jedi qui les para et les renvoya sur son adversaire, qui fut défiguré par ceux-ci. Sous les appels de détresse de Sidious Anakin prit sa défense et arrêta Mace Windu lui coupant le bras et le jettant dans les airs, alors que Sidious lui infligea de nouveaux éclairs de Force.